أثارت زيارة البابا تواضروس الثاني، ، بابا الإسكندرية بطريرك الكرازة المرقسية، جدلاً واسعاً في مصر ، دفع الكنيسة المصرية لتغيير موقفها من عدم الذهاب للقدس دون حل للقضية الفلسطينية، خاصة وأنه و لأول مرة منذ نحو 53 عاماً يزور بابا الأقباط القدس، وعبر تل أبيب، وقد اعتبرها البعض كسراً لقرار المجمع المقدس.

 وكان المجمع المقدس قرر في جلسته بتاريخ 26 مارس 1980 منع سفر المسيحيين للحج في الأراضي المقدسة عقب اتفاقية كامب ديفيد.

ولهذا أكد البابا تواضروس الثاني أن وجوده في القدس ليس زيارة رسمية بل لتأدية واجب إنساني وهو تشييع الأنبا أبراهام مطران القدس والشرق الأدنى.

ومن جانبها، سلطت وسائل إعلام إسرائيلية، الضوء على زيارة بابا الإسكندرية ، لمدينة القدس المحتلة، وذكرت صحيفة «يديعوت أحرونوت» العبرية أنها الزيارة الأولى لـ «بابا الإسكندرية»، على رأس وفد كنسي منذ عام 1980، بعد أن تم حظر زيارة القدس على خلفية توقيع اتفاقية السلام بين مصر وإسرائيل، بناء علي قرار من البابا شنودة برفض الكنيسة المصرية الارثوذكسية المشاركة في تطبيع العلاقات بين البلدين.

في هذا السياق ، قال الناشط القبطي مينا ثابت مدير برنامج الأقليات والفئات المستضعفة في المفوضية المصرية للحقوق والحريات إن «الكنيسة لم تتخذ موقفا مغايراً لعموم المسيحيين بشأن القضية الفلسطينية، حيث اضطر البابا تواضروس إلى السفر لتقديم واجب العزاء في ظرف محدد وواضح لما يمثله مطران القدس من قيمه دينيه وصداقة شخصية للبابا، مشيرا إلى أنه يختلف مع قرار البابا شنودة الراحل بمنع سفر الأقباط إلى القدس، وأن الكثير من المسيحيين يعتبرون أن هذا القرار سياسي له محدداته وظروفه في وقتها، ولا يصح أن تتخذ مؤسسة دينية لقرار سياسي يمكن أن يأخذ منه ويرد عليه بالعديد من الأفكار والمناقشات.

من جهته، اختلف الكاتب الصحفي سليمان شفيق مع زيارة البابا ووصفها بالقرار غير الحكيم فى وقت استثنائي قد يضع الأقباط فى مرمى نيران الإسلاميين بل ويؤكد ابتعاد جميع الحكماء عن المقر الباباوي، مشيرا إلى أن زيارة القدس قرار يمس الوطنية المصرية ووطنية الكنيسة وكان على البابا أن يرسل وفدا للعزاء ولا يذهب بنفسه كرمز للأقباط ليعتبر أول بابا فى العصر الحديث يأخذ هذا القرار.
النائب السابق جمال أسعد اعتبر قرار سفر البابا إلى القدس كسرا لقرار المجمع المقدس عام 1980 الذي يمنع سفر المسيـحيين إلى القدس، فهو كان موقفا سياسيا للكنيسة، وكان من الممكن أن يرسل البابا وفدا للصلاة فقط ولا يذهب بنفسه.
 معتبراً سفر البابا إلى القدس التواء في مسيرة الكنيسة القبطية الأرثوذكسية اذ سافر البابا عبر مطار تل أبيب وليس الأردن بينما كان البابا شنودة يرفض السفر ويوقع عقوبات كنسية على من يسافرون إلى هناك.

ويرى أنه منذ عهد البابا تواضروس حدث تهاون في قضية سفر المسيحيين إلى القدس وصار الآلاف يسافرون للحج سنويا دون أن توقع عليهم الكنيسة أي عقوبات.

ورغم أن البابا تواضروس أكد منذ أسابيع في لقائه مع الرئيس الفلسطيني محمود عباس بالمقر الباباوي أنه لن يذهب إلى القدس إلا مع شيخ الأزهر بعدما دعاه عباس لزيارة القدس كسرا للحصار الشعب الفلسطيني، إلا أن الزيارة تركت صدى واسعا تخوفا من افساح المجال لزيارة لا يزال فصيل واسع من المصريين يعتبرونها تطبيعا مرفوضا مع كيان محتل للأراضي الفلسطينية.